现代医学认为子宫腺肌症发病机理有下述5种学说：

　 （1）子宫内膜种植学说：月经期脱落的子宫内膜碎片可随经血倒流，由输卵管进入盆腔，直接种植于卵巢表面、子宫直肠陷凹和盆腔其他部位，并随女性性激素的变化而产生相应的改变，如刮宫、子宫切除、宫腔造影等作将子宫内膜组织遗落在切口或盆腔，以及子宫先天缺陷均可造成子宫内膜异位。

　 （2）体腔上皮化生学说：盆腔腹膜、直肠阴道隔等组织均由体腔卜皮分化而来，可被某种因子，如逆流的月经碎屑激活，转化为子宫内膜。

　 （3）淋巴及血流播散学说：子宫内膜碎屑通过淋巴道或血流播散到远离盆腔部位的器官如鼻腔、胸腔，手臂等。

　 （4）卵泡黄素化不破裂学说：因为神经内分泌功能失调，虽然卵泡成熟并黄素化，但卵泡不裂 ，造成雌孕激素浓度低下，使子宫内膜细胞容易种植盆腔。

　 （5）免疫学说：子宫内膜异位症是一种自身免疫性疾病．异位内膜上皮可作为一种抗原引自身免疫反应而导致不孕。

子宫腺肌症的主要病理改变为异位的子宫内膜随卵巢的功能变化而发生周期性出血和其周围组织纤维化形成，以致在病变区形成紫褐色斑点或小泡，甚至发展为大小不等的紫蓝色实质结节或包块。

镜检时在病变部位可见到子宫内膜上皮、内膜腺体或腺样结构、内膜间质及其出血灶。